Welche der Versionen ist korrekt?

Beide!

Es ist jedoch nicht so, dass nach der neuen deutschen Rechtschreibung beide Versionen abwechselnd erlaubt sind.
Denn „Leid tun“ (mit großem „L”) und „leid tun“ (mit kleinem „L”) haben verschiedene Bedeutungen.

Wenn man jemandem sein Mitgefühl ausdrücken möchte, benutzt man „leid tun“ (mit kleinem „L”), z.B. „Es tut mir leid, dass du verletzt wurdest.“
„Es tut ihm leid.“

Wenn man zum Ausdruck bringen möchte, dass jemandem ein Schaden zugefügt wurde, benutzt man „Leid tun“ (mit großem „L”). „Leid“ wird in diesem Sinn als Synonym für „Schaden“, „Schlechtes“ etc. benutzt.
„Er tat ihm ein Leid an.“ – „Er tut ihm Leid.“ (Er fügt ihm Schaden zu.)

„Es tut ihm leid.“ oder „Es tut ihm Leid.“ ?

Welche Variante korrket ist, hängt vom Kontext ab.

• Ein Mädchen fügt einem Jungen einen Schaden zu.
  Daraus folgt: Es tut ihm Ⅼeid. (mit großem „L”)
• Ein Junge zeigt dem Mädchen sein Mitgefühl.
  Daraus folgt: Es tut ihm ⅼeid. (mit kleinem „L”)